高校３年の春を目前にした主人公・草薙結衣は、ある日、自宅である神社の蔵の中から
彼女を呼ぶ声を聞く。導かれるまま蔵に足を踏み入れ、光を放つ剣を見つけた結衣。
剣にふれた瞬間、強い衝撃と共に結衣は意識を失い――目覚めた先は、
神々により創られた「箱庭」だった！